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Existen 30 especies amenazadas, de acuerdo a los parámetros de la IUCN, y 26 endémicas casi-endémicas en la reserva, lo que hace a esta área una de las más importantes y críticas para las aves en todas las Américas.

Dusky Starfrontlet                           Coeligena orina                         CR*      Endémica

Urrao Antpitta                                 Grallaria urraoensis                    CR*      Endémica

Yellow-eared Parrot                       Ognorhynchus icterotis              EN       
Gold-ringed Tanager                      Bangsia aureocincta                  
EN*      Endémica

Chestnut-bellied Flower-Piercer    Diglossa gloriosissima               EN*      Endémica
Black-and-gold Tanager                 Bangsia melanochlamys           
EN*      Endémica

Black-and-chestnut Eagle              Oroaetus isidori                          EN

Paramillo Tapaculo                         Scytalopus canus                       EN       Endémica

Munchique Wood-wren                  Henicorhina negretii                  VU       Endémica        Choco Vireo                                    Vireo masteri                              VU       Endémica

Red-bellied Grackle                        Hypopyrrhus pyrohypogaster   VU       Endémica

Bicolored Antvireo                          Dysithamnus occidentalis          VU    
Purplish-mantled Tanager              Iridosornis porphyrocephala     
VU    
Multicoloured Tanager                   Chlorochrysa nitidisima              
VU      Endémica
Tanager Finch                                 Oreothraupis arremonops          
VU      Endémica

Crested Ant-Tanager                      Habia cristata                              VU*     Endémica

Rofous-crested Tanager                Creurgops verticalis                    VU                         Chesnut-crested Contiga              Ampelion rufaxilla                        VU       Endémica   

Yellow-headed Manakin               Xenopipo flavicapilla                    VU      Endémica

Rusty-faced Parrot                         Hapalopsitacca amazonina         VU

Yellow-breasted Antpitta              Grallaria flavotincta                       VU      Endémica

Magdalena Tapaculo                    Scytalopus rodriguezi                   VU      Endémica

Beautiful Jay                                  Cyanolica pulchra                          VU     

Black-and-chestnut Eagle             Oroaetus isidori                            NT       Endémica
Semi-collared Hawk                      Accipiter collaris                            NT    
Chestnut Wood-quail                     Odontophorus hyperythrus         NT    
Black-billed Mountain Toucan       Andigena nigrirostris                   NT      Endémica
Fulvous-dotted Treerunner           Margarornis stellatus                    NT     Endémica

Toucan Barbet                              Semnornis ramphastinus               NT

Olive-sided Flycatcher                 Contopus cooperi                           NT

   

Indigo Flower-Piercer                    Diglossa indigotica                                 Endémica

Flame-rumped Tanager                Ramphocelus falmigerus                        Endémica

Black Solitaire                                Entomodestes corasinius                       Endémica

Nariño's Tapaculo                         Scytalopus vicinior                                   Endémica

Tatama Tapaculo                          Scytalopus alvarzlopezii                          Endémica

Paramillo Tapaculo                       Scytalopus canus                                     Endémica

Colombian Chachalaca                Ortalis columbiana                                   Endémica

*Categoría basada en  Peñuela y Pimm 2014

CR: En Peligro Crítico  EN: Amenazada   VU: Vulnerable   NT: Casi Amenazada